Внутри класса сцены добавлены методы удаления Entity (по entity и guid) и нахождения GUID по объекту Entity.
Реализация топорная, но она работает.
В принципе стоит пересмотреть организацию связи между GUID и Entity, поскольку при большом количестве энтити использование словаря может сказаться на производительности.